Uz hromosomu konformācijas uztveršanas (3C) balstītas metodes atklāj hromosomu organizāciju kodolā, nosakot punktu pāru fizisko tuvumu gar hromatīnu. Tie saglabā hromatīna mijiedarbību, izveidojot šķērssaistījumus, kam seko sadrumstalotība, ligēšana un mijiedarbības reģionu sekvencēšana.
Kā darbojas hromosomu konformācijas uztveršana?
Hromosomu konformācijas uztveršana mikroshēmā (4C) fiksē mijiedarbību starp vienu lokusu un visiem citiem genoma lokusiem. Tas ietver otru ligācijas soli, lai izveidotu pašcirkulārus DNS fragmentus, kurus izmanto, lai veiktu apgriezto PCR. … Vienā mikromasīvā var analizēt aptuveni miljonu mijiedarbību.
Kas ir hromatīna konformācijas uztveršana?
Chromatin Conformation Capture (3C) ir svarīgs paņēmiens, ko izmanto, lai pētītu hromatīna struktūru, kā arī vairāku citu atvasinājumu metožu pamatā. … Protokols ietver šūnu šķērssaistīšanu ar formaldehīdu, kam seko hromatīna izolēšana un šķelšana ar restrikcijas enzīmu.
Kā darbojas Hi-C sekvencēšana?
Hi-C pieeja paplašina 3C-Seq, lai kartētu hromatīna kontaktus visā genomā, un tā ir izmantota arī in situ hromatīna mijiedarbības pētīšanai. Šajā metodē DNS-olb altumvielu kompleksi tiek šķērssavienoti ar formaldehīdu. Paraugu sadrumstalo, DNS ekstrahē, ligē un sagremo ar restrikcijas enzīmiem.
Kas ir Hi-C tehnika?
Klasiskā Hi-C tehnika ietver formaldehīda šķērssaistīta genoma restrikcijas šķelšanu ar sekvences specifiskiem restrikcijas enzīmiem, kam seko sagremoto galu aizpildīšana un labošana, iekļaujot ar biotīnu saistītie nukleotīdi. Pēc tam salabotos galus no jauna sasien.
