Primer dimēra artefakti parasti rodas pie liela cikla sliekšņa numura (parasti > 35 cikli), kas ir lielāks par vēlamā amplikona cikla sliekšņa numuru. Primer dimēri ievērojami palielinās, kad tiek pievienota heterologa genoma DNS.
Kur jūs varētu redzēt primera dimērus uz DNS gēla?
Nekvantitatīvā galapunkta PCR primer dimērs parādīsies kā vairāk vai mazāk vājš uztriepes uz agarozes gela, zem produkta interesējošās joslas.
Kā veidojas grunts dimēri?
Primera dimēri veidojas kad divi primeri saistās viens ar otru, nevis ar veidnes DNS praimeru komplementaritātes reģionu dēļ.
Kā noteikt primer dimērus?
Vienkāršākais veids, kā pārbaudīt primer-dimērus, ir salīdzināt savas reakcijas ar negatīvo kontroli (ūdens, nevis DNS vai RNS). Primer dimēri joprojām veidosies negatīvajā kontrolē. Dažas gruntskrāsu kopas, visticamāk, veidos dimērus nekā citas.
Kāpēc parādās grunts dimēri?
Lielākoties praimeru dimēri ir redzami augstās praimera koncentrācijas dēļ PCR reakcijas maisījumā. Vai arī, ja nav PCR amplifikācijas un agarozes gēlā varat redzēt praimera dimēru. Ja ir redzams PCR produkts, varat samazināt sākuma koncentrāciju un saglabāt pārējos apstākļus nemainīgus.
