Homoloģijas modeļus var izmantot arī lai noteiktu smalkas atšķirības starp saistītajiem proteīniem, kuras ne visas ir strukturāli atrisinātas . Piemēram, šī metode tika izmantota, lai identificētu katjonu saistīšanās vietas uz Na+/K+ ATPāzes un izvirzītu hipotēzes par dažādu ATPāžu saistīšanās afinitāti..
Kam tiek izmantoti homoloģijas modeļi?
Homoloģijas modelēšana ir viena no skaitļošanas struktūras prognozēšanas metodēm, ko izmanto, lai noteiktu proteīna 3D struktūru no tā aminoskābju secības. To uzskata par visprecīzāko no skaitļošanas struktūras prognozēšanas metodēm. Tas sastāv no vairākām darbībām, kas ir vienkāršas un viegli piemērojamas.
Kas ir homoloģijas modelēšana un kāpēc tā ir vajadzīga?
Homoloģijas modelēšana iegūst mērķa proteīna trīsdimensiju struktūru, pamatojoties uz līdzību starp veidnes un mērķa sekvencēm, un šī metode izrādās efektīva, pētot membrānas proteīnus, kas ir grūti izkristalizēt kā GPCR, jo tas nodrošina labāku izpratni par …
Kā jūs veicat homoloģijas modeli?
homoloģijas modelēšanā ir iesaistīti vairāki soļi
- veidnes atlase, izmantojot jūsu mērķa secību. Šim nolūkam varat veikt BLASTp meklēšanu pret visām pieejamajām olb altumvielu struktūrām (PDB). …
- Veidnes un mērķa secības saskaņošana. …
- Jūsu modeļa kvalitāte. …
- Precizēšanaatbilstoši jūsu modelim.
Kāda ir laba homoloģija Modelēšana?
Ja mēs definējam "ļoti veiksmīgu homoloģijas modeli" kā tādu, kam ir <=2 Å rmsd no empīriskās struktūras, tad veidnei jābūt >=60% secības identitātei ar mērķi, lai gūtu panākumus. likme >70%. Pat ar augstu secību identitāti (60%-95%) pat vienam no desmit homoloģijas modeļiem ir rmsd >5 Å pret
